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国 家 蛋 白 质 科 学 中 心 （ 北 京 ） 仪 器 设 备 共 享 管 理 平 台 仪 器 仪 器 全 文 首 页 仪 器 设 备 i d e n t i t y } / . H ( $ t a g ) ) ? > 凤 凰 中 心 主 体 设 施 i d e n t i t y } / . H ( $ t a g ) ) ? > 清 华 大 学 分 设 施 i d e n t i t y } / . H ( $ t a g ) ) ? > 北 京 大 学 分 设 施 i d e n t i t y } / . H ( $ t a g ) ) ? > 中 科 院 生 物 物 理 所 分 设 施 服 务 项 目 研 究 团 队 常 用 资 源 用 户 指 南 联 系 我 们 意 见 建 议 通 知 公 告 更 多 > 2 0 2 4 0 6 . 2 0 【 科 研 进 展 】 N a t C o m m u n ︱ 国 家 蛋 白 质 科 学 中 心 （ 北 京 ） 人 工 智 能 研 究 团 队 基 于 深 度 迁 移 学 习 鉴 定 了 全 泛 素 化 修 饰 调 节 真 核 生 物 中 约 8 0 % 的 蛋 白 质 降 解 ， 蛋 白 质 泛 素 化 水 平 通 过 泛 素 连 接 酶 介 导 的 泛 素 化 和 去 泛 素 化 酶 介 导 的 去 泛 素 化 的 精 细 平 衡 来 精 准 控 制 。 泛 素 化 与 去 泛 素 化 已 经 以 P R O T A C 和 D U B T A C 技 术 的 形 式 被 巧 妙 地 用 于 药 物 研 发 。 相 对 于 泛 素 连 接 酶 底 物 相 互 作 用 （ E S I ） 的 研 究 ， 人 们 对 去 泛 素 化 酶 底 物 相 互 作 用 （ D S I ） 的 研 究 较 少 ， 由 于 缺 乏 足 够 的 训 练 数 据 集 ， 使 用 计 算 方 法 预 测 D S I 遇 到 了 极 大 挑 战 。 近 期 ， 国 家 蛋 白 质 科 学 中 心 （ 北 京 ） 的 人 工 智 能 研 究 团 队 尝 试 利 用 深 度 迁 移 学 习 策 略 来 解 决 这 一 挑 战 ， 构 建 了 可 进 行 全 蛋 白 质 组 范 围 人 类 去 泛 素 化 酶 底 物 相 互 作 用 预 测 的 π T r a n s D S I 软 件 ， 该 成 果 论 文 “ A p r o t e i n s e q u e n c e b a s e d d e e p t r a n s f e r l e a r n i n g f r a m e w o r k f o r i d e n t i f y i n g h u m a n p r o t e o m e w i d e d e u b i q u i t i n a s e s u b s t r a t e i n t e r a c t i o n s ” 5 月 2 8 日 在 线 发 表 于 N a t u r e C o m m u n i c a t i o n s 期 刊 ， 该 工 作 由 该 中 心 李 栋 研 究 员 团 队 和 张 令 强 研 究 员 团 队 合 作 完 成 ， 李 栋 研 究 员 与 崔 春 萍 研 究 员 为 论 文 共 同 通 讯 作 者 ， 刘 源 助 理 研 究 员 、 李 点 可 博 士 研 究 生 和 张 新 助 理 研 究 员 为 论 文 共 同 第 一 作 者 。 这 项 工 作 得 到 了 人 体 蛋 白 质 组 导 航 国 际 大 科 学 计 划 （ π H u B ） 、 国 家 蛋 白 质 科 学 中 心 （ 北 京 ） 、 国 家 重 点 研 发 计 划 与 国 家 自 然 科 学 基 金 的 联 合 支 持 。 π T r a n s D S I 软 件 基 于 T r a n s D S I 深 度 迁 移 学 习 模 型 构 建 ， 所 有 代 码 和 数 据 都 可 以 在 G i t H u b 网 站 上 找 到 （ h t t p s : / / g i t h u b . c o m / L i D l a b / T r a n s D S I ） 。     T r a n s D S I 深 度 迁 移 学 习 模 型 构 建 T r a n s D S I 基 于 2 0 3 9 8 个 人 类 蛋 白 质 的 序 列 相 似 性 网 络 ， 通 过 自 监 督 学 习 进 行 预 训 练 ， 获 得 蛋 白 质 序 列 中 包 含 的 进 化 信 息 。 通 过 8 6 3 对 已 知 的 D S I 对 模 型 进 行 微 调 ， 进 行 去 泛 素 化 酶 底 物 相 互 作 用 预 测 。   图 1   作 者 构 建 了 基 于 深 度 迁 移 学 习 和 变 分 图 自 编 码 器 的 T r a n s D S I 模 型 。 模 型 包 含 四 个 模 块 。 （ a ） 蛋 白 质 编 码 模 块 ： 氨 基 酸 序 列 采 用 C T 编 码 转 化 为 蛋 白 质 序 列 特 征 ， 使 用 B L A S T 计 算 序 列 相 似 性 矩 阵 。 ( b ) 自 监 督 学 习 模 块 ： 采 用 G C N 编 码 器 和 点 积 解 码 器 组 成 的 变 分 图 自 编 码 器 ， 用 于 学 习 蛋 白 质 序 列 中 的 进 化 信 息 。 ( c ) 预 测 D S I 的 半 监 督 模 块 ： 使 用 从 自 监 督 模 块 传 输 的 参 数 来 初 始 化 G C N 编 码 器 ， 使 用 D S I 金 标 准 数 据 集 进 行 微 调 。 ( d ) D S I 结 合 位 点 推 测 模 块 ： 通 过 掩 码 扰 动 某 些 氨 基 酸 序 列 特 征 来 推 测 D U B 与 底 物 相 互 作 用 的 结 构 基 础 。   T r a n s D S I 算 法 的 性 能 评 估 作 者 比 较 了 T r a n s D S I 与 其 他 多 种 机 器 学 习 方 法 （ 随 机 森 林 、 支 持 向 量 机 、 X G B o o s t 、 逻 辑 回 归 和 K 最 近 邻 ） 的 性 能 ， 五 倍 交 叉 验 证 和 独 立 测 试 的 结 果 均 表 明 T r a n s D S I 具 有 最 佳 的 预 测 性 能 。   图 2   T r a n s D S I 模 型 的 预 测 性 能 评 估 。 （ a d ） 通 过 五 倍 交 叉 验 证 和 独 立 测 试 ， 比 较 了 多 种 模 型 （ T r a n s D S I ， U B 2 和 五 种 机 器 学 习 模 型 ） 预 测 D S I s 的 性 能 。 五 种 机 器 学 习 模 型 分 别 是 随 机 森 林 （ R F ） ， 支 持 向 量 机 （ S V M ） ， X G B o o s t ， 逻 辑 回 归 （ L R ） 和 K 最 近 邻 （ K N N ） 。   “ 模 拟 敲 除 ” 探 索 去 泛 素 化 酶 底 物 相 互 作 用 的 结 构 基 础 蛋 白 质 之 间 的 相 互 作 用 往 往 由 特 定 结 构 域 和 m o t i f 介 导 。 作 者 基 于 T r a n s D S I 模 型 发 展 了 一 个 可 解 释 性 模 块 ， 通 过 观 察 敲 除 特 定 序 列 片 段 对 “ T r a n s D S I 分 数 ” 的 影 响 ， 在 预 测 去 泛 素 化 酶 底 物 相 互 作 用 的 同 时 推 测 决 定 相 互 作 用 的 关 键 区 域 （ 图 3 a ） 。 图 3 b 展 示 了 D N M T 1 与 去 泛 素 化 酶 U S P 7 结 合 过 程 中 D N M T 1 自 身 序 列 上 每 个 残 基 的 重 要 性 。 T r a n s D S I 预 测 出 D N M T 1 上 的 赖 氨 酸 残 基 （ K 1 1 1 1 / K 1 1 1 3 / K 1 1 1 5 ） 具 有 较 高 的 重 要 性 ， 表 明 U S P 7 和 底 物 D N M T 1 之 间 的 相 互 作 用 主 要 是 由 D N M T 1 的 K G 重 复 区 的 赖 氨 酸 残 基 介 导 ， 这 与 之 前 的 实 验 结 果 一 致 （ N a t . C o m m u n . 2 0 1 5 , 6 : 7 0 2 3 ） 。   图 3 T r a n s D S I 部 分 揭 示 U S P 7 D N M T 1 相 互 作 用 的 结 构 基 础 。 ( a ) 算 法 原 理 示 意 图 ： 对 于 D U B 和 底 物 ， 一 个 包 含 3 个 残 基 的 滑 动 窗 口 沿 着 蛋 白 质 序 列 移 动 ， 通 过 除 去 滑 动 窗 口 内 的 某 类 三 联 体 以 外 的 所 有 残 基 特 征 来 进 行 计 算 机 模 拟 的 “ 敲 除 ” 。 在 敲 除 后 ， “ 扰 动 分 数 ” 相 对 于 T r a n s D S I 分 数 变 化 最 小 的 区 域 更 可 能 是 D S I 的 结 合 位 点 （ 红 箭 头 指 示 ） 。 ( b ) 这 个 热 图 可 视 化 了 D N M T 1 每 个 氨 基 酸 残 基 （ 从 9 4 0 到 1 2 9 9 ） 对 U S P 7 D N M T 1 相 互 作 用 的 影 响 ， D N M T 1 的 赖 氨 酸 残 基 （ K 1 1 1 1 ， K 1 1 1 3 ， K 1 1 1 5 ） （ 在 蓝 色 框 中 ） 在 重 要 性 热 图 中 得 分 相 对 较 高 。 ( c ) U S P 7 D N M T 1 的 复 合 物 结 构 （ P D B i d ： 4 Y O C ） 。 颜 色 表 示 T r a n s D S I 给 出 的 残 基 重 要 性 ， 重 要 性 从 低 （ 蓝 色 ） 到 高 （ 红 色 ） 显 示 。 插 图 展 示 了 U S P 7 D N M T 1 界 面 的 细 节 ， 包 括 U S P 7 的 酸 性 口 袋 和 D N M T 1 的 K G 重 复 区 。   T r a n s D S I 预 测 结 果 （ F O X P 3 潜 在 去 泛 素 化 酶 ） 的 实 验 验 证 作 者 通 过 免 疫 共 沉 淀 与 W e s t e r n b l o t 等 技 术 对 T r a n s D S I 的 部 分 预 测 结 果 进 行 了 验 证 。 转 录 因 子 叉 头 盒 蛋 白 P 3 （ F O X P 3 ） 调 控 调 节 性 T 细 胞 （ T r e g ） 功 能 ， 与 肿 瘤 免 疫 反 应 相 关 。 F O X P 3 功 能 与 T G F R 激 活 的 S M A D 3 / 4 和 T 细 胞 受 体 （ T C R ） 激 活 的 N F A T 存 在 密 切 关 联 （ 图 4 a ） 。 另 外 ， F O X P 3 在 多 种 肿 瘤 组 织 中 表 达 水 平 的 升 高 与 患 者 较 差 的 预 后 相 关 。 由 于 F O X P 3 在 免 疫 调 节 中 起 重 要 作 用 ， 其 本 身 并 不 适 合 作 为 直 接 的 药 物 靶 点 。 利 用 T r a n s D S I ， 作 者 预 测 出 了 F O X P 3 上 游 两 个 潜 在 的 去 泛 素 化 酶 ， U S P 1 1 与 U S P 2 0 。 U S P 1 1 先 前 被 报 道 能 够 增 强 T G F β 介 导 的 T H 1 7 细 胞 分 化 ， 并 能 稳 定 F O X P 3 表 达 ， 从 而 维 持 T r e g 的 抑 制 能 力 ， 但 其 分 子 机 制 尚 不 清 楚 。 通 过 实 验 ， 作 者 发 现 U S P 1 1 可 以 直 接 结 合 F O X P 3 并 去 除 F O X P 3 上 结 合 的 泛 素 ， 增 强 F O X P 3 的 稳 定 性 （ 图 4 b 和 c ） 。 考 虑 到 肿 瘤 浸 润 的 F O X P 3 + T r e g 细 胞 可 能 促 进 癌 细 胞 的 免 疫 逃 逸 ， 作 者 推 测 U S P 1 1 可 能 是 治 疗 由 F O X P 3 诱 导 的 免 疫 逃 逸 肿 瘤 的 新 靶 点 。 U S P 2 0 已 被 证 明 在 各 种 信 号 通 路 中 发 挥 重 要 作 用 ， 例 如 通 过 去 泛 素 化 β c a t e n i n 来 增 强 W n t 信 号 通 路 以 促 进 肿 瘤 生 长 。 然 而 ， U S P 2 0 与 自 身 免 疫 性 疾 病 之 间 的 关 联 目 前 尚 不 清 楚 。 作 者 发 现 U S P 2 0 可 以 结 合 F O X P 3 并 使 其 去 泛 素 化 ， 表 明 U S P 2 0 可 能 在 调 节 自 身 免 疫 过 程 中 发 挥 作 用 ， 并 可 能 成 为 抑 制 F O X P 3 诱 导 的 肿 瘤 免 疫 逃 逸 的 潜 在 靶 点 。   图 4   F O X P 3 潜 在 去 泛 素 化 酶 （ U S P 1 1 和 U S P 2 0 ） 的 实 验 验 证 。 ( a )   F O X P 3 在 T G F β 通 路 中 的 位 置 ， 图 中 给 出 了 F O X P 3 多 个 预 测 的 去 泛 素 化 酶 ； ( b / d ) 使 用 免 疫 共 沉 淀 实 验 验 证 U S P 1 1 / U S P 2 0 F O X P 3 相 互 作 用 ； ( c / e ) U S P 1 1 / U S P 2 0 可 以 去 除 F O X P 3 上 的 泛 素 。   T r a n s D S I 阐 释 肝 细 胞 癌 组 学 数 据 中 显 著 失 调 分 子 P K M 2 的 潜 在 调 控 机 制 临 床 患 者 样 本 的 组 学 数 据 分 析 是 人 们 面 临 的 一 大 挑 战 ， 对 这 些 数 据 的 分 析 通 常 从 探 索 差 异 表 达 分 子 开 始 。 实 际 上 ， 这 些 差 异 表 达 分 子 的 调 控 因 子 对 于 疾 病 机 制 的 研 究 也 同 样 重 要 ， 可 以 在 更 大 范 围 内 寻 找 可 能 的 疾 病 标 志 物 与 潜 在 药 物 靶 点 。 作 者 利 用 T r a n s D S I 对 肝 细 胞 癌 组 学 数 据 提 示 的 差 异 表 达 分 子 P K M 2 进 行 了 分 析 ， 推 测 U C H L 1 为 P K M 2 潜 在 的 去 泛 素 化 酶 ， 可 作 为 肿 瘤 治 疗 的 潜 在 药 物 靶 点 。   图 5 丙 酮 酸 激 酶 M 2 ( P K M 2 ) 的 调 控 分 子 U C H L 1 。   ( a ) P K M 2 是 糖 酵 解 通 路 中 的 关 键 限 速 酶 ， 它 在 癌 细 胞 中 表 达 水 平 上 调 ， 与 预 后 不 良 相 关 。 T r a n s D S I 推 测 U C H L 1 可 能 是 P K M 2 的 去 泛 素 化 酶 。 ( b ) U C H L 1 和 P K M 2 的 蛋 白 表 达 水 平 呈 现 出 正 相 关 。 ( c ) 可 以 根 据 U C H L 1 和 P K M 2 两 个 分 子 将 肝 癌 样 本 分 为 两 个 亚 型 （ G I 和 G I I ） ， 这 两 个 亚 型 具 有 不 同 的 临 床 特 征 。 ( d ) G I / G I I 亚 型 的 K a p l a n M e i e r 曲 线 ， G I I 亚 型 具 有 更 低 的 总 生 存 率 。 国 家 蛋 白 质 科 学 中 心 （ 北 京 ） 长 期 致 力 于 泛 素 蛋 白 酶 体 系 统 中 蛋 白 质 相 互 作 用 的 研 究 。 2 0 1 7 年 该 中 心 贺 福 初 院 士 与 李 栋 研 究 员 团 队 建 立 了 首 个 人 类 泛 素 连 接 酶 底 物 相 互 作 用 预 测 模 型 U b i B r o w s e r （ N a t C o m m u n 2 0 1 7 , 8 : 3 4 7 ） 。 2 0 2 2 年 ， 该 中 心 贺 福 初 院 士 、 张 令 强 研 究 员 与 李 栋 研 究 员 团 队 联 合 将 U b i B r o w s e r 体 系 拓 展 到 3 9 个 真 核 生 物 （ N u c l e i c A c i d s R e s e a r c h 2 0 2 2 , 5 0 : D 7 1 9 ） 。 该 中 心 本 次 推 出 了 基 于 深 度 迁 移 学 习 框 架 的 π T r a n s D S I 。 π T r a n s D S I 软 件 名 称 中 的 π 为 人 体 蛋 白 质 组 导 航 国 际 大 科 学 计 划 （ π H u B 计 划 ） 。 作 为 π H u B 软 件 家 族 新 成 员 ， π T r a n s D S I 提 供 了 全 蛋 白 质 组 的 去 泛 素 化 酶 底 物 信 息 ， 为 全 面 研 究 蛋 白 质 泛 素 化 水 平 的 精 细 调 控 提 供 了 新 的 视 角 。   【 论 文 链 接 ： 】 h t t p s : / / d o i . o r g / 1 0 . 1 0 3 8 / S 4 1 4 6 7 0 2 4 4 8 4 4 6 3 2 0 2 4 0 6 . 2 0 【 学 术 会 议 】 2 0 2 4 年 国 家 蛋 白 质 科 学 中 心 （ 北 京 ） 第 二 季 度 学 术 研 讨 会 日 程     2 0 2 4 0 6 . 2 0 【 科 研 进 展 】 B I B | 国 家 蛋 白 质 科 学 中 心 （ 北 京 ） 人 工 智 能 团 队 使 用 超 图 变 分 自 编 码 器 探 索 蛋 白 质 复 合 物 生 命 体 系 中 的 蛋 白 质 并 非 单 独 发 挥 作 用 ， 往 往 组 合 在 一 起 形 成 特 定 的 功 能 模 块 （ “ 蛋 白 质 复 合 体 ” 或 “ 蛋 白 质 机 器 ” ） 。 了 解 蛋 白 质 复 合 物 及 其 功 能 对 于 阐 明 生 命 过 程 的 机 制 、 疾 病 诊 断 与 治 疗 以 及 药 物 开 发 至 关 重 要 。 然 而 ， 目 前 的 实 验 手 段 在 鉴 定 蛋 白 质 复 合 物 方 面 存 在 诸 多 挑 战 和 限 制 。 因 此 ， 发 展 高 效 的 计 算 方 法 来 预 测 蛋 白 质 复 合 物 就 显 得 极 为 重 要 。 现 有 的 蛋 白 质 复 合 物 预 测 算 法 忽 略 了 蛋 白 质 氨 基 酸 序 列 对 三 维 结 构 和 生 物 化 学 性 质 的 影 响 ， 这 是 影 响 蛋 白 质 相 互 结 合 形 成 复 合 物 的 重 要 因 素 。 为 此 ， 国 家 蛋 白 质 科 学 中 心 （ 北 京 ） 的 人 工 智 能 研 究 团 队 提 研 发 了 一 种 基 于 超 图 表 示 学 习 预 测 蛋 白 质 复 合 体 的 软 件 π H y p e r G r a p h C o m p l e x ， 该 软 件 整 合 了 蛋 白 质 序 列 和 蛋 白 质 相 互 作 用 网 络 信 息 ， 不 需 要 进 行 人 为 的 特 征 提 取 就 可 以 挖 掘 蛋 白 质 复 合 物 信 息 。 π H y p e r G r a p h C o m p l e x 软 件 于 2 0 2 4 年 6 月 8 日 在 B r i e f i n g s i n B i o i n f o r m a t i c s 期 刊 （ 5 年 I F = 1 0 . 6 ） 在 线 发 表 。       π H y p e r G r a p h C o m p l e x 通 过 超 图 变 分 自 编 码 器 ( H G V A E ) 系 统 学 习 已 有 蛋 白 质 复 合 体 涉 及 的 蛋 白 质 序 列 和 相 互 作 用 知 识 ， 获 得 潜 在 蛋 白 质 复 合 物 的 特 征 向 量 表 示 ， 再 结 合 深 度 神 经 网 络 D N N 推 测 可 能 的 蛋 白 质 复 合 物 。 该 算 法 不 依 赖 特 征 工 程 ， 而 是 完 全 由 数 据 驱 动 。 它 有 望 理 解 蛋 白 质 复 合 物 形 成 的 本 质 特 征 ， 揭 示 生 命 过 程 的 分 子 基 础 ， 为 疾 病 诊 断 和 新 药 研 发 提 供 线 索 和 靶 点 。 值 得 注 意 的 是 ， π H y p e r G r a p h C o m p l e x 预 测 出 的 高 置 信 度 蛋 白 质 复 合 物 ， 可 作 为 A l p h a F o l d 3 等 复 合 物 结 构 预 测 工 具 的 优 质 输 入 。 π H y p e r G r a p h C o m p l e x 已 开 源 并 上 传 至 G i t H u b 网 站 （ h t t p s : / / g i t h u b . c o m / L i D l a b / H y p e r G r a p h C o m p l e x ） ， 用 户 可 通 过 简 单 命 令 在 本 地 部 署 使 用 。     图 1 . π H y p e r G r a p h C o m p l e x 的 整 体 算 法 框 架 。 ( A ) 超 图 构 建 ： 以 蛋 白 质 相 互 作 用 （ P P I ） 网 络 为 输 入 ， 使 用 C l i q u e s 算 法 提 取 完 全 连 接 的 蛋 白 质 子 网 络 作 为 超 边 ， 并 将 其 转 换 为 蛋 白 质 超 图 。 ( B ) 蛋 白 质 编 码 ： 以 蛋 白 质 的 原 始 序 列 为 输 入 ， 使 用 C T 方 法 对 蛋 白 质 的 氨 基 酸 序 列 进 行 编 码 ， 获 取 蛋 白 质 序 列 特 征 。 ( C ) 自 监 督 模 块 用 于 获 取 蛋 白 质 嵌 入 向 量 ： 采 用 超 图 变 分 自 编 码 器 （ H G V A E ） ， 包 括 超 图 卷 积 编 码 器 、 注 意 力 模 块 和 点 积 解 码 器 ， 基 于 超 图 的 高 阶 拓 扑 属 性 和 蛋 白 质 序 列 特 征 生 成 蛋 白 质 嵌 入 向 量 。 ( D )   监 督 模 块 用 于 预 测 蛋 白 质 复 合 物 ： 给 定 蛋 白 质 集 合 的 嵌 入 向 量 被 拼 接 并 输 入 到 一 个 D N N 模 块 以 预 测 给 定 蛋 白 质 集 合 是 否 能 够 形 成 复 合 物   π H y p e r G r a p h C o m p l e x 中 的 π 即 为 π H u B 计 划 。 国 家 蛋 白 质 科 学 中 心 人 工 智 能 研 究 团 队 已 经 连 续 推 出 了 四 个 π 软 件 ， 包 括 π H e l i x N o v o ， π D D K L i n k e r , π T r a n s D S I , 以 及 π H y p e r G r a p h C o m p l e x ， 这 些 软 件 将 助 力 实 现 π H u B 计 划 中 “ 数 据 信 息 知 识 智 慧 ” （ D I K W ） 的 快 速 跃 迁 。 国 家 蛋 白 质 科 学 中 心 （ 北 京 ） 李 栋 研 究 员 和 刘 源 助 理 研 究 员 为 论 文 共 同 通 讯 作 者 ， 安 徽 医 科 大 学 硕 士 研 究 生 夏 思 敏 、 中 国 农 业 大 学 博 士 研 究 生 李 点 可 以 及 国 家 蛋 白 质 科 学 中 心 硕 士 研 究 生 邓 新 茹 为 论 文 共 同 第 一 作 者 。 该 工 作 得 到 了 人 体 蛋 白 质 组 导 航 国 际 大 科 学 计 划 （ π H u B ） 、 国 家 蛋 白 质 科 学 中 心 （ 北 京 ） 、 科 技 部 重 点 研 发 计 划 和 国 家 自 然 科 学 基 金 委 的 支 持 。   参 考 文 献 ： 1 .   Y a n g T , L i n g T , S u n B , L i a n g Z , X u F , H u a n g X , X i e L , H e Y , L i L , H e F , W a n g Y , C h a n g C . I n t r o d u c i n g π H e l i x N o v o f o r p r a c t i c a l l a r g e s c a l e d e n o v o p e p t i d e s e q u e n c i n g . B r i e f B i o i n f o r m . 2 0 2 4 ; 2 5 : b b a e 0 2 1 2 .   K o n g X , D i a o L , J i a n g P , N i e S , G u o S , L i D . D D K L i n k e r : a n e t w o r k b a s e d s t r a t e g y i d e n t i f i e s d i s e a s e s i g n a l s b y l i n k i n g h i g h t h r o u g h p u t o m i c s d a t a s e t s t o d i s e a s e k n o w l e d g e . B r i e f B i o i n f o r m . 2 0 2 4 , 2 5 : b b a e 1 1 1 . 3 .   L i u Y , L i D , Z h a n g X , X i a S , Q u Y , L i n g X , L i Y , K o n g X , Z h a n g L , C u i C P , L i D . A p r o t e i n s e q u e n c e b a s e d d e e p t r a n s f e r l e a r n i n g f r a m e w o r k f o r i d e n t i f y i n g h u m a n p r o t e o m e w i d e d e u b i q u i t i n a s e s u b s t r a t e i n t e r a c t i o n s . N a t C o m m u n . 2 0 2 4 M a y 2 8 ; 1 5 ( 1 ) : 4 5 1 9 . 4 .   X i a S , L i D , D e n g X , L i u Z , Z h u H , L i u Y , L i D , I n t e g r a t i o n o f p r o t e i n s e q u e n c e a n d p r o t e i n – p r o t e i n i n t e r a c t i o n d a t a b y h y p e r g r a p h l e a r n i n g t o i d e n t i f y n o v e l p r o t e i n c o m p l e x e s ,   B r i e f i n g s i n B i o i n f o r m a t i c s . 2 0 2 4 , 2 5 : b b a e 2 7 4 .   2 0 2 4 0 4 . 2 2 【 科 研 进 展 】 要 讯 ！ “ 创 建 蛋 白 质 组 学 体 系 ” 入 选 中 国 2 1 世 纪 重 要 医 学 成 就 4 月 2 1 日 ， 在 被 誉 为 医 学 界 最 高 级 别 的 大 会 “ 2 0 2 4 年 中 国 医 学 发 展 大 会 ” 上 ， 中 国 医 学 科 学 院 发 布 了 《 中 国 2 1 世 纪 重 要 医 学 成 就 》 和 《 中 国 2 0 2 3 年 度 重 要 医 学 进 展 》 。 其 中 ， “ 创 建 蛋 白 质 组 学 体 系 ” 入 选 为 中 国 2 1 世 纪 重 要 医 学 成 就 。     4 月 2 1 日 ， 中 国 医 学 科 学 院 在 2 0 2 4 年 中 国 医 学 发 展 大 会 上 发 布 了 《 中 国 2 1 世 纪 重 要 医 学 成 就 》 和 《 中 国 2 0 2 3 年 度 重 要 医 学 进 展 》 。 中 国 医 学 科 学 院 副 院 长 、 中 国 医 学 科 学 院 学 术 咨 询 委 员 会 秘 书 长 、 中 国 医 学 科 学 院 学 部 委 员 （ 以 下 简 称 “ 学 部 委 员 ” ） 王 健 伟 主 持 发 布 会 。 王 志 珍 学 部 委 员 发 布 《 中 国 2 1 世 纪 重 要 医 学 成 就 》 。 陈 义 汉 、 张 志 愿 、 林 东 昕 、 李 松 、 顾 东 风 、 顾 晓 松 6 位 学 部 委 员 分 别 发 布 临 床 医 学 、 口 腔 医 学 、 基 础 医 学 与 生 物 学 、 药 学 、 卫 生 健 康 与 环 境 、 生 物 医 学 工 程 与 信 息 领 域 2 0 2 3 年 度 的 重 要 医 学 进 展 。   王 志 珍 学 部 委 员 发 布 本 年 度 入 选 的 《 中 国 2 1 世 纪 重 要 医 学 成 就 》   陈 义 汉 学 部 委 员 发 布 临 床 医 学 领 域 2 0 2 3 年 度 重 要 医 学 进 展   张 志 愿 学 部 委 员 发 布 口 腔 医 学 领 域 2 0 2 3 年 度 重 要 医 学 进 展   林 东 昕 学 部 委 员 发 布 基 础 医 学 与 生 物 学 领 域 2 0 2 3 年 度 重 要 医 学 进 展   李 松 学 部 委 员 发 布 药 学 领 域 2 0 2 3 年 度 重 要 医 学 进 展     顾 东 风 学 部 委 员 发 布 卫 生 健 康 与 环 境 领 域 2 0 2 3 年 度 重 要 医 学 进 展   顾 晓 松 学 部 委 员 发 布 生 物 医 学 工 程 与 信 息 领 域 2 0 2 3 年 度 重 要 医 学 进 展           王 健 伟 秘 书 长 主 持 发 布 会 并 就 遴 选 目 的 、 思 路 、 方 法 和 程 序 等 作 详 细 说 明   发 布 会 前 ， 王 健 伟 秘 书 长 代 表 学 术 咨 询 委 员 会 对 《 中 国 2 1 世 纪 重 要 医 学 成 就 》 和 《 中 国 2 0 2 3 年 度 重 要 医 学 进 展 》 遴 选 的 目 的 、 思 路 、 方 法 和 程 序 作 出 如 下 说 明 ： 本 次 《 中 国 2 1 世 纪 重 要 医 学 成 就 》 和 《 中 国 2 0 2 3 年 度 重 要 医 学 进 展 》 坚 持 科 学 客 观 的 医 学 科 技 评 价 导 向 ， 更 加 突 出 直 接 指 标 ， 更 加 强 化 情 报 学 视 域 下 量 化 评 价 基 础 上 的 多 维 综 合 评 价 。 《 中 国 2 1 世 纪 重 要 医 学 成 就 》 聚 焦 我 国 学 者 主 要 在 本 世 纪 完 成 的 重 大 医 学 科 技 成 果 ， 应 具 备 重 大 原 创 性 、 引 领 性 ， 在 支 撑 国 家 高 水 平 科 技 自 立 自 强 、 保 障 人 民 卫 生 健 康 重 大 需 求 方 面 产 生 深 远 影 响 ， 且 经 国 内 外 较 长 阶 段 评 价 取 得 充 分 认 可 和 应 用 。 在 评 价 过 程 中 ， 采 用 情 报 学 视 域 量 化 计 算 和 成 就 征 集 两 条 技 术 路 线 独 立 开 展 、 相 互 校 验 融 合 后 ， 提 交 全 体 学 部 委 员 通 讯 评 选 ， 再 经 中 国 医 学 科 学 院 学 术 咨 询 执 行 委 员 会 （ 以 下 简 称 “ 执 委 会 ” ） 审 定 ， 最 终 本 年 度 有 3 项 重 要 医 学 成 就 入 选 。 《 中 国 2 0 2 3 年 度 重 要 医 学 进 展 》 聚 焦 我 国 学 者 在 2 0 2 3 年 度 取 得 的 重 要 成 果 ， 其 对 当 前 和 未 来 可 能 产 生 重 要 影 响 ， 具 有 较 高 国 际 关 注 度 或 应 用 潜 力 。 遴 选 采 取 多 维 量 化 与 广 义 内 容 评 价 相 结 合 的 量 化 技 术 路 线 ， 以 定 量 计 算 为 主 、 定 性 分 析 为 辅 ， 无 偏 倚 纳 入 多 源 数 据 建 立 候 选 成 果 数 据 库 ， 包 括 我 国 学 者 在 2 0 2 3 年 度 发 表 的 医 学 研 究 论 文 、 获 批 上 市 的 国 产 药 物 产 品 、 获 批 上 市 的 国 产 创 新 医 疗 器 械 产 品 等 ， 累 计 收 集 成 果 数 据 多 达 3 3 万 余 条 。 在 此 基 础 上 ， 由 中 国 医 学 科 学 院 医 学 信 息 研 究 所 研 究 团 队 进 行 量 化 计 算 ， 形 成 《 中 国 2 0 2 3 年 度 重 要 医 学 进 展 》 备 选 成 果 清 单 ， 提 交 全 体 学 部 委 员 通 讯 评 议 ， 由 执 委 会 审 定 ， 最 终 有 4 3 项 重 要 进 展 入 选 。 　 　 相 比 去 年 ， 本 年 度 的 遴 选 思 路 与 方 法 做 了 进 一 步 优 化 和 创 新 。 　 　 在 《 中 国 2 1 世 纪 重 要 医 学 成 就 》 遴 选 方 面 ， 为 进 一 步 规 范 和 指 导 遴 选 指 标 选 择 ， 研 究 团 队 在 情 报 学 视 域 下 创 新 性 提 出 “ 五 度 ” 概 念 模 型 ， 即 评 价 指 标 应 满 足 客 观 、 可 反 映 评 价 导 向 、 指 标 之 间 独 立 、 指 标 数 值 可 获 得 、 指 标 简 洁 。 同 时 基 于 前 期 对 诺 贝 尔 生 理 学 或 医 学 奖 获 奖 学 者 的 代 表 性 文 献 分 析 ， 提 出 了 “ 原 创 性 引 领 性 ” 成 果 的 评 价 量 化 指 标 ， 更 加 突 出 单 篇 文 献 被 引 频 次 排 序 前 万 分 之 五 ， 且 文 献 在 发 表 5 年 及 以 上 达 被 引 峰 值 等 评 价 指 标 。 专 家 视 域 下 ， 主 要 依 据 专 家 学 术 鉴 赏 力 对 成 就 的 科 学 、 技 术 、 经 济 、 社 会 和 文 化 五 元 价 值 进 行 多 维 评 价 。 最 后 综 合 情 报 视 域 和 专 家 视 域 的 分 析 和 评 议 结 果 ， 形 成 候 选 成 就 清 单 。 　 　 在 《 中 国 2 0 2 3 年 度 重 要 医 学 进 展 》 遴 选 方 面 ， 研 究 团 队 根 据 “ 大 医 学 ” 发 展 规 律 和 医 学 科 技 成 果 特 点 ， 构 建 了 基 于 反 映 成 果 学 术 影 响 力 、 同 行 认 可 度 、 特 殊 关 注 度 等 的 关 键 分 析 指 标 评 价 体 系 ， 分 学 部 开 展 多 维 分 析 指 标 量 化 评 价 和 广 义 内 容 分 析 。 科 技 创 新 是 助 推 卫 生 健 康 事 业 发 展 的 核 心 动 能 ， 科 学 有 效 的 科 技 成 果 评 价 有 助 于 营 造 科 技 创 新 良 好 生 态 。 为 客 观 评 价 我 国 医 学 界 的 科 技 贡 献 ， 导 引 中 国 医 学 科 技 创 新 的 发 展 方 向 ， 中 国 医 学 科 学 院 坚 持 “ 四 个 面 向 ” ， 持 续 探 索 可 体 现 医 学 科 技 成 果 特 点 的 分 类 评 价 体 系 。 作 为 中 国 医 学 科 学 院 学 术 咨 询 委 员 会 发 挥 高 端 智 库 作 用 的 重 要 举 措 之 一 ， 《 中 国 2 1 世 纪 重 要 医 学 成 就 》 今 年 连 续 第 四 年 发 布 ， 《 中 国 年 度 重 要 医 学 进 展 》 连 续 第 五 年 发 布 。 本 文 转 载 自   中 国 医 学 科 学 院 新 闻 中 心 公 众 号   进 入 仪 器 预 约 系 统 登 录 E n g l i s h S y s t e m L o g i n 还 没 有 账 号 ？ 点 击 注 册 设 施 介 绍 仪 器 设 备 更 多 > 常 用 链 接 凤 凰 中 心 主 体 设 施 清 华 大 学 分 设 施 北 京 大 学 分 设 施 中 科 院 生 物 物 理 所 分 设 施 版 权 所 有 © 国 家 蛋 白 质 科 学 中 心         访 问 量 : 2 4 5 4 8 8         系 统 开 发 商 : 天 津 市 基 理 科 技 股 份 有 限 公 司

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